Brotherhood lấy bối cảnh trong một thế giới giống như Trái Đất gọi là Eos, xảy ra trong các sự kiện của Final Fantasy XV. Vương quốc Lucis, quốc gia gìn giữ viên tinh thể ma thuật cuối cùng còn lại trên thế giới, đã vướng vào cuộc chiến với đế chế Niflheim sở hữu công nghệ tiên tiến, sau này thống trị phần lớn thế giới hiện tại. Sau nhiều năm chiến tranh, một thỏa thận hòa bình được ký kết giữa Lucis và Niflheim. Dựa theo một phần của hòa ước này, Noctis Lucis Caelum—con trai của vị Vua đương thời Regis và là người thừa kế ngai vàng Lucis—sẽ phải kết hôn với Lunafreya Nox Fleuret, nguyên công chúa xứ Tenebrae và hiện đang là con tin nằm trong tay đế quốc Niflheim. Noctis lên đường thành thân với công chúa Lunafreya cùng với chiến hữu và bè bạn trung thành của mình: Gladiolus Amicitia, Prompto Argentum và Ignis Scientia. Trong khi đó, Niflheim đã bội ước và đưa quân xâm chiếm Lucis, cướp lấy viên tinh thể và sát hại Regis, Noctis giờ đây phải gánh vác trọng trách khôi phục ngôi vị và đánh bại quân xâm lược nhằm cứu giúp quê hương của mình thoát khỏi ách đô hộ của Niflheim.[1][2][3][4]